OASIS dataset 사용해보기 (1) dataset 접근 권한 요청하기

 

OASIS dataset이 무엇인지 궁금하신 분들은 이전 게시글 참고해주세요

 

우선 OASIS 사이트에 접속합니다

https://sites.wustl.edu/oasisbrains/

Open Access Series of Imaging Studies (OASIS)

 

 

사이트에 들어가시면 우측에 OASIS 버전 선택이 가능합니다

 

OASIS-4는 기억장애나 치매로 판단된 sample들만 모아놓은 dataset입니다. 

저는 normal을 포함해 여러 단계의 alzheimer를 classification하는 것을 다룰 예정이기 때문에 OASIS-3을 받을거에요.

 

 

원하는 버전을 클릭하면 이렇게 노란 칸에 "Request Access To Datasets"이 나옵니다. 

 

들어가서 OASIS data use agreement를 읽고 내리시면 이렇게 data access form이 나옵니다. 

근데 이 때 NITRC account를 등록해야한다고 나와요. 

NITRC (Neuroimaging Informatics Tools and Resources Clearinghouse)는 뇌 영상 및 관련 데이터셋을 공유하고 저장하는 플랫폼입니다. 이 플랫폼에서 제공되는 데이터셋에 접근하기 위해서는 NITRC 계정이 필요합니다. OASIS dataset을 접근하려면 NITRC 회원가입을 해야해요. 회원가입 한 후 해당 이메일을 적어주시면 돼요.

 

주어진 항목에 대해 기입하시면 신청이 완료됩니다. 

oasis-3,-4는 2,3일 정도 소요된다고 합니다. 

 

 

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OASIS-1 Download Instruction 

 

 

크게 Raw data download와 FreeSurfer download가 있습니다.

여기서 Raw data는 처리되지 않은 원본데이터를 의미하기 때문에 MRI 스캔의 원본 이미지를 포함해 DICOM 형식이나 NifTI와 같은 비처리 데이터 형식으로 제공됩니다. 그래서 추가적인 전처리나 분석 작업이 적용되지 않은 형태입니다. 

Freesurfer data는 Freesurfer 소프트웨어를 사용해 전처리 및 분석된 데이터를 의미합니다. MRI 스캔이 Freesurfer 파이프라인을 거쳐 생성된 피질 및 피질하 구조의 분석 결과를 포함합니다. 그래서 cortical thickness, cortical surface area, volume등의 구조적 정보가 추출되어 있습니다.  뿐만 아니라 Freesurfer가 제공하는 표준 전처리 (skull stripping, alignment, segmentation) 등이 이미 적용되어 있습니다. 그렇기 때문에 바로 사용할 수 있습니다.