OASIS dataset 사용해보기 (2) OASIS-3 사용

OASIS dataset에 대해 궁금하신 분은 이전 글들을 참고해주세요 !

참고로 oasis dataset에 대한 설명은 https://github.com/NrgXnat/oasis-scripts 에서 확인하시면 됩니다

그래도 간단히 설명을 하자면

OASIS-1과 OASIS-2는 바로 사용이 가능한 데이터셋이고 OASIS-1은 cross-sectional, OASIS-2는 longitudinal 데이터 셋입니다.

OASIS-3는 normal aging과 alzhiemer's disease에 대한 longitudinal neuroimaging, clinical, cognitive, biomarker dataset이 존재하는 대용량의 dataset입니다.

OASIS-3에 대한 간단한 설명

- 총 1378명 (정상:755, 경도인지장애나 알츠하이머:622)

- MRI, PET 존재

- MRI 세션(2842회), t1w,t2w, FLAIR, ASL, SWI, TOF, Resting-state BOLD, DTI, Freesurfer 존재

- PET 스캔 (2157회), PIB, AV45, FDG (pup 후처리된 파일과 함께 제공), tau PET (451회)

OASIS dataset 접근 권한 요청한지 10시간도 되기 전에 답장이 왔습니다

NITRC 플랫폼에서 OASIS-3 dataset 접근 권한이 승인되었습니다 ㅎㅎ

중요한 내용은 아니지만 OASIS-3 팀에 'User' 역할로 추가되었다고 해요

이제 NITRC에 로그인하고 데이터셋을 사용하시면 됩니다

해당 링크로 들어가서 NITRC에 로그인하시면

다음처럼 나의 프로젝트 항목에 OASIS-3가 추가되었습니다.

https://github.com/NrgXnat/oasis-scripts?tab=readme-ov-file

GitHub - NrgXnat/oasis-scripts: Example download scripts for the OASIS3 project

Example download scripts for the OASIS3 project. Contribute to NrgXnat/oasis-scripts development by creating an account on GitHub.

github.com

위의 깃허브에 들어가셔서

Brief description of scan and participant data 항목에 'OASIS 3 data dictionary'문서를 참고합니다.

데이터 구조와 다운로드 방식

데이터 구조

- XNAT "Subject" 페이지. participant별로 정리되어 있음

- "Subject" 페이지에 다양한 검사 결과 (MRI, PET) 포함

- "OAS_data_files" : 개별 연구 참여자 데이터 아니고 전체 데이터셋과 관련된 스프레드시트

데이터 세션 및 다운로드

- "MR Sessions" 여기엔 MRI 데이터아닌 cohort file이나 data file 포함

- "Scans"은 다운로드 가능한 스프레드시트 파일 제공

다운로드 시 주의 사항

- 다운로드 스크립트 사용할 때 "OAS_data_files" 포함할지 여부 체크 -> MRI나 PET 데이터 포함 안해서 자동처리에 적합하지 않음 -> 참여자 데이터와 OAS_data_files 데이터를 별도로 분리

XNAT REST API를 사용하라는데,, 이 부분은 잘 몰라서 더 알아봐야 할 것 같아요

우선은 위의 깃허브를 zip으로 다운로드 받습니다

압축을 풀면 다음과 같은 파일들이 존재합니다

총 4가지 종류의 폴더가 있습니다. Scans (BIDS 형식), freesurfer 데이터, PUP(PET unifiend pipeline), Matchup

1. Scans

BIDS(Brain Imaging Data Structure)형식으로 정리된 데이터로, MRI 데이터가 .niig.gz format으로 제공욉니다. 원본 DICOM 파일을 dcm2niix 로 변환해 구조화된 형태로 저장. BIDS 형식은 표준화된 데이터 구조를 제공하기 때문에 다양한 분석 툴과의 호환성이 좋고, 전처리의 최소단계를 거친 상태입니다.

2. Freesurfer

Freesurfer 소프트웨어 사용해 생서된 데이터로, MRI 데이터를 기반으로 surface, volume segmentation 등이 포함됩니다. 구조적인 분석이나 segmentation 작업 바로 시작하고 싶을 때 적합한 전처리가 완료된 상태의 데이터입니다.

3. PUP (PET Unified Pipeline)

PET 데이터가 포함되고, MRI 와 직접적으로 연관되진 않았습니다. PET 데이터 사용하거나 PET-MRI 데이터 다룰 때 사용합니다.

4. Matchup

서로 다른 세션 간의 날짜를 기준으로 데이터를 매칭하는 도구이기 때문에, MRI 데이터를 직접 포함하진 않습니다.

나의 결론

Scans를 사용하면 된다.

download_scans를 본인이 원하는 환경에 두고, download_oasis_scans_bids.sh 를 실행합니다.

이 때 download_oasis_scans_bids 스크립트에 실행 권한을 부여해야 합니다.

chmod +x download_oasis_scans_bids.sh

그리고 원하는 조건에 맞게 스크립트를 실행해줍니다.

./download_oasis_scans.sh <input_file.csv> <directory_name> <nitrc_ir_username> <scan_type> <oasis_tau_project>

그런데 이 때 <input_file.csv>를 입력해야 합니다. github에서 받은 파일을 보면

oasis_scan_download_example.csv 파일이 있고

"OAS30001_MR_d0129
OAS30001_MR_d0757
OAS30001_MR_d2430" 꼴로 나와있긴 하지만 이건 예시이기 때문에 본인의 상황에 맞게 input file을 생성해줘야 합니다.

https://www.nitrc.org/projects/oasis3

NITRC: OASIS-3: Longitudinal Multimodal Neuroimaging, Clinical, and Cognitive Dataset for Normal Aging and Alzheimer’s Disease

OASIS The OASIS data are distributed to the greater scientific community under the following terms: 1. You will not attempt to establish the identity of or make contact with any of the human participants included in the OASIS data. This includes, but is no

www.nitrc.org

여기에 접근을 해주고